Η επιλογή μεταξύ των υποψηφίων γίνεται μετά από συνέντευξη από τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής. Τα μέλη διαμορφώνουν για κάθε υποψήφιο βαθμολογία σε κλίμακα 0 έως 100. Στη βαθμολογία λαμβάνονται υπόψη:

• Ο βαθμός του πτυχίου σε ποσοστό 10%

• Η κατοχή τίτλου ιατρικής ειδικότητας και ιδιαίτερα, της εξειδίκευσης στη Λοιμωξιολογία σε ποσοστό 30%
• Η βαθμολογία στα σχετικά με τις Λοιμώξεις προπτυχιακά μαθήματα σε ποσοστό 10%
• Η σχέση της ερευνητικής ή επαγγελματικής δραστηριότητας του υποψηφίου με τις Λοιμώξεις σε ποσοστό 20%
• Η συνάφεια του πτυχίου ΑΕΙ και των γνώσεων του υποψηφίου με τις Λοιμώξεις σε ποσοστό 10%
• Η βαθμολογία στη συνέντευξη σε ποσοστό 20%

Με βάση τα συνολικά κριτήρια, η Συντονιστική Επιτροπή  καταρτίζει Πίνακα αξιολόγησης των φοιτητών και τον καταθέτει προς έγκριση στη Συνέλευση.

Οι επιτυχόντες θα πρέπει να γραφτούν στη Γραμματεία του ΠΜΣ εντός τριάντα (30) ημερών από την απόφαση της Συνέλευσης.

Ισοβαθμήσαντες γίνονται δεκτοί ως υπεράριθμοι, σε ποσοστό που δεν υπερβαίνει το 10% του ανώτατου αριθμού εισακτέων.

Σε περίπτωση μη εγγραφής ενός ή περισσοτέρων φοιτητών, θα κληθούν αν υπάρχουν, οι επιλαχόντες, με βάση τη σειρά τους στον εγκεκριμένο αξιολογικό πίνακα, να εγγραφούν στο Πρόγραμμα.